Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms