Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DKK3Q9UBP4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
DKK3Q9UBP4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DKK3Q9UBP4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms