Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHMP4AQ9BY43 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms