Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP41Q3LFD5 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms