Protein–RNA interactions for Protein: Q12829

RAB40B, Ras-related protein Rab-40B, humanhuman

Predictions only

Length 278 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB40BQ12829 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
RAB40BQ12829 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
RAB40BQ12829 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
RAB40BQ12829 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
RAB40BQ12829 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
RAB40BQ12829 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
RAB40BQ12829 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RAB40BQ12829 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RAB40BQ12829 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms