Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TNFRSF4P43489 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms