Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC30■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms