Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Col28a1Q2UY11 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col28a1Q2UY11 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col28a1Q2UY11 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col28a1Q2UY11 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col28a1Q2UY11 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col28a1Q2UY11 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col28a1Q2UY11 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col28a1Q2UY11 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col28a1Q2UY11 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col28a1Q2UY11 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col28a1Q2UY11 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
Col28a1Q2UY11 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col28a1Q2UY11 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col28a1Q2UY11 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
Col28a1Q2UY11 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col28a1Q2UY11 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col28a1Q2UY11 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Col28a1Q2UY11 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col28a1Q2UY11 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col28a1Q2UY11 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col28a1Q2UY11 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col28a1Q2UY11 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col28a1Q2UY11 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col28a1Q2UY11 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Col28a1Q2UY11 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col28a1Q2UY11 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col28a1Q2UY11 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms