Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC34,4■■■■□ 3,1
Col28a1Q2UY11 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,3■■■□□ 2,92
Col28a1Q2UY11 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32,13■■■□□ 2,73
Col28a1Q2UY11 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,06■■■□□ 2,72
Col28a1Q2UY11 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC31,95■■■□□ 2,71
Col28a1Q2UY11 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,46■■■□□ 2,63
Col28a1Q2UY11 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC31,27■■■□□ 2,6
Col28a1Q2UY11 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,94■■■□□ 2,54
Col28a1Q2UY11 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,48■■■□□ 2,47
Col28a1Q2UY11 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,44■■■□□ 2,46
Col28a1Q2UY11 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,24■■■□□ 2,43
Col28a1Q2UY11 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC29,95■■■□□ 2,39
Col28a1Q2UY11 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,86■■■□□ 2,37
Col28a1Q2UY11 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,84■■■□□ 2,37
Col28a1Q2UY11 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,84■■■□□ 2,37
Col28a1Q2UY11 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,78■■■□□ 2,36
Col28a1Q2UY11 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC29,77■■■□□ 2,36
Col28a1Q2UY11 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29,39■■■□□ 2,3
Col28a1Q2UY11 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,37■■■□□ 2,29
Col28a1Q2UY11 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,36■■■□□ 2,29
Col28a1Q2UY11 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,23■■■□□ 2,27
Col28a1Q2UY11 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,11■■■□□ 2,25
Col28a1Q2UY11 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC29,05■■■□□ 2,24
Col28a1Q2UY11 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,05■■■□□ 2,24
Col28a1Q2UY11 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,01■■■□□ 2,23
Col28a1Q2UY11 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28,98■■■□□ 2,23
Col28a1Q2UY11 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,97■■■□□ 2,23
Col28a1Q2UY11 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC28,94■■■□□ 2,22
Col28a1Q2UY11 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC28,92■■■□□ 2,22
Col28a1Q2UY11 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,71■■■□□ 2,19
Col28a1Q2UY11 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC28,68■■■□□ 2,18
Col28a1Q2UY11 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,66■■■□□ 2,18
Col28a1Q2UY11 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,57■■■□□ 2,16
Col28a1Q2UY11 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,52■■■□□ 2,16
Col28a1Q2UY11 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC28,49■■■□□ 2,15
Col28a1Q2UY11 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC28,45■■■□□ 2,15
Col28a1Q2UY11 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28,39■■■□□ 2,13
Col28a1Q2UY11 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,37■■■□□ 2,13
Col28a1Q2UY11 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28,35■■■□□ 2,13
Col28a1Q2UY11 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,3■■■□□ 2,12
Col28a1Q2UY11 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,28■■■□□ 2,12
Col28a1Q2UY11 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC28,18■■■□□ 2,1
Col28a1Q2UY11 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,1■■■□□ 2,09
Col28a1Q2UY11 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,1■■■□□ 2,09
Col28a1Q2UY11 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,09■■■□□ 2,09
Col28a1Q2UY11 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,07■■■□□ 2,08
Col28a1Q2UY11 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC28,07■■■□□ 2,08
Col28a1Q2UY11 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC28,06■■■□□ 2,08
Col28a1Q2UY11 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC28■■■□□ 2,07
Col28a1Q2UY11 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,96■■■□□ 2,07
Col28a1Q2UY11 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC27,9■■■□□ 2,06
Col28a1Q2UY11 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,88■■■□□ 2,05
Col28a1Q2UY11 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,8■■■□□ 2,04
Col28a1Q2UY11 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27,79■■■□□ 2,04
Col28a1Q2UY11 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC27,79■■■□□ 2,04
Col28a1Q2UY11 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC27,79■■■□□ 2,04
Col28a1Q2UY11 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,78■■■□□ 2,04
Col28a1Q2UY11 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27,78■■■□□ 2,04
Col28a1Q2UY11 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,7■■■□□ 2,02
Col28a1Q2UY11 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Col28a1Q2UY11 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC27,63■■■□□ 2,01
Col28a1Q2UY11 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,63■■■□□ 2,01
Col28a1Q2UY11 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27,55■■■□□ 2
Col28a1Q2UY11 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,52■■■□□ 2
Col28a1Q2UY11 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,51■■□□□ 1,99
Col28a1Q2UY11 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,48■■□□□ 1,99
Col28a1Q2UY11 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,41■■□□□ 1,98
Col28a1Q2UY11 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,39■■□□□ 1,97
Col28a1Q2UY11 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Col28a1Q2UY11 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,34■■□□□ 1,97
Col28a1Q2UY11 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,27■■□□□ 1,96
Col28a1Q2UY11 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,27■■□□□ 1,96
Col28a1Q2UY11 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC27,26■■□□□ 1,95
Col28a1Q2UY11 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC27,25■■□□□ 1,95
Col28a1Q2UY11 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC27,25■■□□□ 1,95
Col28a1Q2UY11 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,23■■□□□ 1,95
Col28a1Q2UY11 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,21■■□□□ 1,95
Col28a1Q2UY11 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,2■■□□□ 1,94
Col28a1Q2UY11 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27,19■■□□□ 1,94
Col28a1Q2UY11 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,16■■□□□ 1,94
Col28a1Q2UY11 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,08■■□□□ 1,93
Col28a1Q2UY11 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26,99■■□□□ 1,91
Col28a1Q2UY11 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,96■■□□□ 1,91
Col28a1Q2UY11 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,96■■□□□ 1,91
Col28a1Q2UY11 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,88■■□□□ 1,89
Col28a1Q2UY11 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,86■■□□□ 1,89
Col28a1Q2UY11 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC26,85■■□□□ 1,89
Col28a1Q2UY11 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,83■■□□□ 1,89
Col28a1Q2UY11 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,81■■□□□ 1,88
Col28a1Q2UY11 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,78■■□□□ 1,88
Col28a1Q2UY11 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26,74■■□□□ 1,87
Col28a1Q2UY11 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC26,72■■□□□ 1,87
Col28a1Q2UY11 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26,67■■□□□ 1,86
Col28a1Q2UY11 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC26,65■■□□□ 1,86
Col28a1Q2UY11 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26,58■■□□□ 1,85
Col28a1Q2UY11 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,58■■□□□ 1,85
Col28a1Q2UY11 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC26,57■■□□□ 1,84
Col28a1Q2UY11 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC26,57■■□□□ 1,84
Col28a1Q2UY11 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,55■■□□□ 1,84
Col28a1Q2UY11 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,53■■□□□ 1,84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13,3 ms