Protein–RNA interactions for Protein: P86449

Trim43c, Tripartite motif-containing protein 43C, mousemouse

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim43cP86449 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Trim43cP86449 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Trim43cP86449 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Trim43cP86449 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim43cP86449 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim43cP86449 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Trim43cP86449 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Trim43cP86449 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Trim43cP86449 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
Trim43cP86449 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Trim43cP86449 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Trim43cP86449 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Trim43cP86449 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Trim43cP86449 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Trim43cP86449 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Trim43cP86449 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Trim43cP86449 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Trim43cP86449 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Trim43cP86449 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Trim43cP86449 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Trim43cP86449 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Trim43cP86449 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Trim43cP86449 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim43cP86449 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim43cP86449 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim43cP86449 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim43cP86449 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim43cP86449 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim43cP86449 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim43cP86449 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim43cP86449 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim43cP86449 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim43cP86449 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim43cP86449 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim43cP86449 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim43cP86449 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim43cP86449 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim43cP86449 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.6 ms