Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 HMGA1P1-201ENST00000415560 1062 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DHPS-207ENST00000594424 1172 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 PRR3-202ENST00000376560 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SCNN1B-202ENST00000343070 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SFTPA1-202ENST00000419470 2210 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SLC9A3P3-201ENST00000457608 2229 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 POTEB3-201ENST00000611217 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 KRT74-201ENST00000305620 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TMUB2-201ENST00000319511 2418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 DUOX2-201ENST00000389039 6533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SETD4-207ENST00000399215 4272 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 DNMT3B-205ENST00000443239 2674 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 DPAGT1-217ENST00000639704 1719 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF8-203ENST00000417814 3593 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 CDC14B-201ENST00000375240 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 RBP3-201ENST00000584701 4276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 APLP2-202ENST00000278756 3687 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC015712.2-201ENST00000560351 3688 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 BTBD3-204ENST00000405977 5137 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 PIK3AP1-201ENST00000339364 4803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 HTR2C-201ENST00000276198 4751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 GLP2R-204ENST00000574745 1882 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 ESRRB-201ENST00000380887 2745 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 FUNDC2P2-201ENST00000331369 1223 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 C10orf90-202ENST00000356858 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 GHITM-201ENST00000372134 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 ARMCX2-202ENST00000330154 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 DGKZ-216ENST00000528615 2692 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TNNI1-202ENST00000361379 5413 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC016738.1-201ENST00000452364 3485 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 HNF4A-204ENST00000415691 2302 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 UBE2W-201ENST00000419880 2315 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SH3PXD2B-201ENST00000311601 7777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 LAIR1-201ENST00000348231 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AC021218.1-201ENST00000377722 2536 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 COL1A1-201ENST00000225964 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 ELP4-203ENST00000395934 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC12-201ENST00000310164 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 RBMS1-201ENST00000348849 4273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 PARP10-203ENST00000524918 3469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 USP6NL-205ENST00000609104 11377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 RASA4CP-203ENST00000446874 3193 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TACC2-209ENST00000369004 3667 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 MEP1A-201ENST00000230588 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 RNFT2-201ENST00000257575 3882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SLC28A1-201ENST00000286749 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 RBM10-202ENST00000345781 3108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 DNM3-202ENST00000367731 7613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SPAG8-202ENST00000396638 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS13-202ENST00000445164 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 TUBB8P7-202ENST00000564451 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 PER3-208ENST00000613533 6318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 NDRG4-201ENST00000258187 3324 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 CATSPERE-203ENST00000366534 3333 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 URGCP-201ENST00000336086 5658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 AL590824.1-201ENST00000403828 1349 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 SLC46A1-207ENST00000612814 6376 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC112Q8NEF3 FAM118A-201ENST00000216214 3458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms