Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KRT18P63-201ENST00000505463 979 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CUX1P39880 IMMP1L-215ENST00000534812 612 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZBP1-201ENST00000371173 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GMEB1-201ENST00000294409 1912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 KIR2DL3-201ENST00000342376 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AP002851.1-201ENST00000640504 2130 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PHF10-206ENST00000621772 1651 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 HSPA6-201ENST00000309758 2371 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SPATS2-203ENST00000547865 1810 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 FMR1-218ENST00000621447 1832 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MRPS28-201ENST00000276585 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC025822.1-201ENST00000455525 633 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC104117.1-201ENST00000517817 900 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC022382.1-201ENST00000602768 336 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC245369.8-201ENST00000636589 306 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CNOT4-204ENST00000414802 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC135506.1-201ENST00000603877 1799 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CD1A-201ENST00000289429 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GIT2-201ENST00000320063 2094 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LINC00910-201ENST00000341011 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LINC00511-213ENST00000581549 2265 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZFAND1-201ENST00000220669 1798 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZFAND1-221ENST00000523096 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZCCHC9-203ENST00000407610 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 OR2T27-201ENST00000344889 954 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC026884.1-201ENST00000418296 457 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 Z84721.1-201ENST00000438841 372 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AL583804.1-201ENST00000448643 810 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SMCO4-202ENST00000525141 889 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC136698.1-201ENST00000558110 546 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC048382.4-201ENST00000559065 546 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NAT9-204ENST00000578822 839 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 Metazoa_SRP.152-201ENST00000614413 286 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 Metazoa_SRP.47-201ENST00000616942 279 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC127002.1-201ENST00000619123 455 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CLCN4-201ENST00000380829 2418 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SERPING1-202ENST00000340687 1719 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MBOAT4-201ENST00000320542 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GAS6-AS2-201ENST00000608651 1952 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SLC7A9-201ENST00000023064 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LYRM1-202ENST00000396052 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AP3M2-202ENST00000396926 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 DRD2-204ENST00000538967 1493 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TIMP1-201ENST00000218388 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CREB3L4-203ENST00000368601 950 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TIMP1-202ENST00000377017 626 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NAA10-205ENST00000393712 908 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PGAM1P10-201ENST00000402426 761 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GSTM2P1-201ENST00000405166 654 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZNF589-202ENST00000412564 593 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AL133351.2-201ENST00000437718 484 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PGAM5-202ENST00000454808 1084 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TMEM154-202ENST00000504064 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZNF268-208ENST00000539248 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZNF268-212ENST00000542711 861 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NEMF-210ENST00000556672 590 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC048380.1-201ENST00000589818 465 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC112702.1-201ENST00000623712 366 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NGLY1-205ENST00000417874 2062 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RAB40A-201ENST00000304236 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SIGLEC17P-204ENST00000618545 1517 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RNF26-201ENST00000311413 2787 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MRPL43-202ENST00000318325 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 FKBP4P1-201ENST00000507284 1347 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC106785.2-201ENST00000564385 1319 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PPT1-203ENST00000433473 2267 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PSMB8-201ENST00000374881 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RABL2B-203ENST00000395591 1987 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ULBP3-201ENST00000367339 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NAT8B-201ENST00000377712 765 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms