Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC241585.2-201ENST00000578899 2307 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ARF4-201ENST00000303436 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AMT-201ENST00000273588 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MCF2L-209ENST00000397036 1544 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ENDOV-207ENST00000518907 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TEX26-AS1-205ENST00000585870 2053 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 OR51B5-201ENST00000300773 939 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 S100A6-202ENST00000368720 673 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SPG20-AS1-203ENST00000493739 566 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC068858.1-201ENST00000525114 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 IL32-230ENST00000551122 733 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC092687.3-201ENST00000606907 393 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC010601.2-201ENST00000623060 774 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MTSS1-216ENST00000524090 2166 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CHCHD7-218ENST00000523975 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 GPATCH2L-202ENST00000312858 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 IGHE-202ENST00000641420 1485 ntAPPRIS P5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC124319.4-201ENST00000622931 2161 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC024475.2-201ENST00000312173 879 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 KRTAP10-11-201ENST00000334670 1237 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MED27-202ENST00000357028 1281 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC131011.1-201ENST00000366134 672 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 IGHV3-66-201ENST00000390632 427 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AKT3-IT1-201ENST00000417120 517 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 GAPDHP29-201ENST00000429913 985 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 RN7SL479P-201ENST00000472003 300 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 RAB6B-205ENST00000486858 880 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 IGHVII-33-1-201ENST00000524010 280 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PILRB-213ENST00000609309 993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 OR3A1-202ENST00000615105 966 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC244097.1-201ENST00000621631 1216 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SMG8-201ENST00000300917 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CD9-212ENST00000610354 1315 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 KIR2DL4-203ENST00000357494 1396 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 COMMD10-201ENST00000274458 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 NAALADL1-201ENST00000340252 2376 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ALDH3B1-201ENST00000342456 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CNOT7-211ENST00000523917 1885 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 GP6-202ENST00000333884 2210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 C20orf141-201ENST00000380589 730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 NOS2P3-201ENST00000411468 867 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 NOS2P2-201ENST00000426269 867 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 HNRNPA1P55-201ENST00000505935 955 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MRPL51-205ENST00000543164 814 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MRPL51-206ENST00000543703 441 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC084262.1-201ENST00000567818 751 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 NSRP1-213ENST00000584423 482 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC025048.4-201ENST00000589740 699 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AL139220.2-222ENST00000627999 756 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC137936.2-202ENST00000638124 1146 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TMEM40-205ENST00000435575 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 GGACT-201ENST00000376250 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ACTN1-205ENST00000538545 2813 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PI4KAP2-201ENST00000360806 2080 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CYCS-203ENST00000409764 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TISP43-202ENST00000409982 1039 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 FAM27E3-201ENST00000418795 1593 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 IP6K2-211ENST00000432678 1309 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC092295.1-201ENST00000446262 434 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 DMKN-244ENST00000480502 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PRDM2-213ENST00000503842 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 STT3A-211ENST00000529196 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC100858.2-201ENST00000531948 487 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 WSCD1-202ENST00000539421 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC010183.1-201ENST00000552413 559 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.4 ms