Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC9Q9Y3X0 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 212.4 ms