Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms