Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCL28Q9NRJ3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms