Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH2P43246 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH2P43246 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH2P43246 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH2P43246 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH2P43246 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH2P43246 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH2P43246 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH2P43246 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH2P43246 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms