Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ZNF683-205ENST00000436292 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SPIN3-245ENST00000640768 1722 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SLC16A1-201ENST00000369626 3910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CENPL-202ENST00000356198 2357 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC015712.6-201ENST00000431060 5068 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NUB1-201ENST00000413040 3180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OSBPL9-201ENST00000361556 2721 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AP002761.4-201ENST00000565433 3361 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MAGED4B-201ENST00000335504 2578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TNNI1-201ENST00000336092 1750 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC004623.1-201ENST00000624592 2127 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OSBPL8-201ENST00000261183 7239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OSBPL8-218ENST00000611266 7239 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 APOBEC3D-202ENST00000427494 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PRPSAP1-206ENST00000446526 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MYOM3-201ENST00000338909 2693 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AKNA-204ENST00000374075 5038 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NPR1-202ENST00000368680 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PDLIM2-201ENST00000265810 4592 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CNTD1-204ENST00000588408 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ALOX15B-202ENST00000380183 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RPP30-202ENST00000371703 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
LIG1P18858 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 USP39-207ENST00000450066 2086 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ADAMTSL4-203ENST00000369039 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL162431.2-201ENST00000358073 2424 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RNF26-201ENST00000311413 2787 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ELN-222ENST00000458204 3147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PRR26-202ENST00000441152 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 KIAA1161-201ENST00000297625 6398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TBCE-207ENST00000543662 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LRP10-203ENST00000546834 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 HES2-201ENST00000377834 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL359643.2-201ENST00000606227 3273 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RPSAP36-202ENST00000494591 1261 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CPNE5-201ENST00000244751 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 COL1A2-201ENST00000297268 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MIER1-202ENST00000355977 3595 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC00511-213ENST00000581549 2265 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL445250.1-201ENST00000641671 2259 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ABCF3-201ENST00000292808 2453 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SLC8A2-203ENST00000542837 3603 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GRIK4-202ENST00000438375 4214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC239798.2-201ENST00000415338 3540 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ZBTB1-201ENST00000358738 4119 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SLC6A5-202ENST00000525748 7084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MYH16-204ENST00000452010 1599 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 KAT7-204ENST00000454930 1774 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ABLIM2-213ENST00000514025 2974 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FAM155B-201ENST00000252338 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MICAL1-202ENST00000358807 3645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 UMODL1-203ENST00000400424 5516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TRAF3IP3-204ENST00000367026 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MYO16-202ENST00000356711 6874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MFSD11-217ENST00000590514 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PPARGC1B-203ENST00000394320 4803 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ARAF-201ENST00000290277 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68 ms