Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 PCMTD1-201ENST00000360540 4252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 WDR17-205ENST00000508596 4294 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 LRRC8C-201ENST00000370454 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC012442.2-201ENST00000414784 425 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC145207.1-201ENST00000415556 691 ntTSL 4 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AL139241.1-201ENST00000433374 1168 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC069185.1-202ENST00000533405 471 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC006435.2-201ENST00000574290 846 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 RN7SL470P-201ENST00000583069 259 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 PRMT5-AS1-206ENST00000599580 847 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 UBASH3A-203ENST00000398367 1733 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 DISP3-201ENST00000294484 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS10-201ENST00000270328 4194 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 LAMB1-201ENST00000222399 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 TRAF3-208ENST00000560371 7640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 DPYSL2-204ENST00000521913 4805 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF174-201ENST00000268655 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 SNAP29-201ENST00000215730 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 RAB25-201ENST00000361084 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 CNR1-201ENST00000362094 1252 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC013448.2-201ENST00000440341 787 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AL354861.1-201ENST00000445213 355 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 PIN4P1-201ENST00000451079 396 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1D-206ENST00000554236 888 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 GRID2IP-203ENST00000457091 3636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ERG-207ENST00000398919 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ABCC6-201ENST00000205557 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 MIR9-3HG-201ENST00000536780 4778 ntTSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 PRPF38A-201ENST00000257181 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 AC011287.1-201ENST00000639998 1349 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC8-207ENST00000543897 5663 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 FEM1A-201ENST00000269856 9593 ntAPPRIS P1 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CCDC3Q9BQI4 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
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