Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PLCXD2-201ENST00000393934 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ENDOV-207ENST00000518907 2418 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 XPNPEP1-201ENST00000322238 2467 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 FAHD2B-201ENST00000272610 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PPM1N-203ENST00000396737 872 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 NRADDP-201ENST00000437305 691 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC092896.1-201ENST00000465850 380 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 IKBKB-223ENST00000522147 954 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GMPR2-206ENST00000557854 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MAP3K3-203ENST00000577395 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC007998.2-201ENST00000589258 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MIAT_exon5_3.1-201ENST00000613656 377 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AL590094.1-208ENST00000636917 627 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DUSP18-204ENST00000403268 2920 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RCBTB2-205ENST00000544492 2622 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CNN2-201ENST00000263097 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PRSS16-203ENST00000421826 1949 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SHISA5-206ENST00000426002 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TMPRSS2-202ENST00000398585 3240 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC064850.1-201ENST00000413279 1398 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MRPL35-201ENST00000254644 1061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TEX33-201ENST00000381821 978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MPV17-209ENST00000405983 859 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RN7SL288P-201ENST00000490496 291 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC007298.2-201ENST00000551849 862 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PHF23-213ENST00000613632 850 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC004466.2-201ENST00000614749 516 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.141-201ENST00000615072 282 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 KRT26-201ENST00000335552 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DLGAP1-202ENST00000400145 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 BLK-201ENST00000259089 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PDCD6-201ENST00000264933 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 DHRS7C-201ENST00000330255 1006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SNORA57-201ENST00000383870 149 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 Z95624.1-201ENST00000413528 628 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PHBP10-201ENST00000416467 784 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PGAM1P11-201ENST00000416729 680 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MKNK1-205ENST00000428112 1270 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RPSAP12-201ENST00000435879 888 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 VENTXP4-201ENST00000449029 958 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RHOH-206ENST00000505618 1225 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC00514-203ENST00000573465 313 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KLKP1-202ENST00000597246 1125 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PDCD6-213ENST00000618970 931 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CRABP2-204ENST00000621784 1033 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CATSPERD-202ENST00000381624 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SLC1A5-202ENST00000434726 1872 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GOLGA8N-205ENST00000569659 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ACTN1-205ENST00000538545 2813 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LPO-210ENST00000582328 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 FAM86C1-202ENST00000359244 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 HSPA1L-201ENST00000375654 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GDAP1L1-208ENST00000617075 2645 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC108024.1-201ENST00000626286 1721 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 DAD1-201ENST00000250498 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RPS9-202ENST00000391751 510 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 S100A13-203ENST00000392623 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC02026-202ENST00000414309 772 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL158207.2-201ENST00000414926 266 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC00399-201ENST00000439008 414 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 DHDDS-217ENST00000526219 1072 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TMEM106A-201ENST00000536052 1181 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC142086.5-202ENST00000562500 217 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RN7SL121P-201ENST00000584223 273 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CSTP2-201ENST00000610599 398 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC00969-253ENST00000625338 804 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 EZH2-202ENST00000350995 2477 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 IMPDH1-204ENST00000419067 2431 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
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