Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms