Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC140Q96MF4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC140Q96MF4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC140Q96MF4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC140Q96MF4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC140Q96MF4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms