Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms