Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIM2P55344 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIM2P55344 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIM2P55344 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIM2P55344 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIM2P55344 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIM2P55344 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIM2P55344 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIM2P55344 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIM2P55344 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIM2P55344 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIM2P55344 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIM2P55344 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIM2P55344 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIM2P55344 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIM2P55344 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIM2P55344 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIM2P55344 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIM2P55344 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIM2P55344 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIM2P55344 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIM2P55344 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIM2P55344 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIM2P55344 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIM2P55344 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIM2P55344 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIM2P55344 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIM2P55344 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIM2P55344 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIM2P55344 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIM2P55344 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIM2P55344 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIM2P55344 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIM2P55344 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIM2P55344 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms