Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 XRCC6-202ENST00000360079 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC245140.2-201ENST00000624054 1939 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CWC27-201ENST00000381070 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 OS9-220ENST00000552285 2135 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 GRIK4-208ENST00000638419 3593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SLC13A5-202ENST00000381074 1738 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KCNK9-201ENST00000303015 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 OTOS-201ENST00000319460 566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SNX15-201ENST00000352068 771 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 GAPDH-204ENST00000396859 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AL929302.1-201ENST00000426556 871 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC005077.3-201ENST00000449614 213 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 GH2-203ENST00000449787 753 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 LINC02063-201ENST00000503415 566 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 IMMP1L-202ENST00000526776 469 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 C19orf70-203ENST00000587589 577 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ZFP36-201ENST00000594045 690 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 RARS-210ENST00000626454 177 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 IL1RN-201ENST00000259206 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CROT-203ENST00000419147 2959 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SLC7A8-214ENST00000621729 1371 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AL928654.5-201ENST00000624831 2501 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PRKACB-205ENST00000370688 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 DLG2-205ENST00000398301 2070 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC099548.2-204ENST00000481651 2106 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AL157832.2-206ENST00000428178 601 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-214ENST00000487066 763 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 EHF-208ENST00000530286 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MYL6-218ENST00000550697 901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC073869.4-201ENST00000620841 800 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MC5R-201ENST00000324750 1319 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC005906.2-205ENST00000640862 1522 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PHTF2-204ENST00000415251 1738 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PRUNE1-205ENST00000368937 1850 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 CHMP5-202ENST00000419016 1957 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MSMO1-201ENST00000261507 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ZNF614-202ENST00000356322 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 TRAPPC3-201ENST00000373159 590 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PCLAF-202ENST00000380258 911 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AL589935.1-203ENST00000412751 465 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 GNAT1-202ENST00000433068 1224 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
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TCOF1Q13428 AL512288.1-201ENST00000448015 491 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 NALT1-202ENST00000450304 437 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AL451000.1-201ENST00000451300 1186 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 TAGLN3-203ENST00000455401 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 RN7SL128P-201ENST00000467883 305 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC087620.1-201ENST00000520037 447 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 BID-209ENST00000551952 700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ADSSL1-208ENST00000555674 520 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC016266.1-201ENST00000557558 729 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 AC012174.1-201ENST00000562349 714 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 HIST2H4A-201ENST00000578186 583 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 NAV1-210ENST00000593583 726 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 CCL3L3-203ENST00000619989 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ADAMTS9-AS1-216ENST00000626280 882 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 UBE2A-206ENST00000625938 1381 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 SPAAR-203ENST00000636776 1538 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ERICH1-206ENST00000522706 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 Z82195.2-202ENST00000458525 1646 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 EPM2A-218ENST00000639465 2203 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 WDR77-201ENST00000235090 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 ZNF251-201ENST00000292562 2807 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TCOF1Q13428 IFNLR1-203ENST00000374418 674 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
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