Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ZNFX1-202ENST00000371752 7212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.54□□□□□ -1.042e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 ABCD3-202ENST00000370214 3538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.35□□□□□ -1.072e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-217ENST00000641178 4374 ntBASIC8.22□□□□□ -1.092e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-207ENST00000513559 1813 ntTSL 2 BASIC8.15□□□□□ -1.12e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-215ENST00000641146 4780 nt8.03□□□□□ -1.122e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 TNFRSF19-203ENST00000382263 4151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.152e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-251ENST00000641843 1596 nt7.86□□□□□ -1.152e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-227ENST00000641393 4069 ntBASIC7.77□□□□□ -1.172e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-222ENST00000641332 2759 nt7.56□□□□□ -1.22e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-246ENST00000641748 3201 nt7.52□□□□□ -1.212e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-226ENST00000641388 778 nt7.33□□□□□ -1.242e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-253ENST00000641870 2109 nt7.21□□□□□ -1.262e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-201ENST00000296468 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.2□□□□□ -1.262e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-244ENST00000641742 1823 nt7.2□□□□□ -1.262e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-223ENST00000641340 2098 nt7.07□□□□□ -1.282e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 HMGCR-207ENST00000509085 637 ntTSL 1 (best)7.06□□□□□ -1.282e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-260ENST00000642078 1747 nt6.92□□□□□ -1.32e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 LUC7L-212ENST00000443357 833 ntTSL 26.73□□□□□ -1.337e-11■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 HMGCR-210ENST00000511986 487 ntTSL 56.71□□□□□ -1.342e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-256ENST00000641949 1640 ntBASIC6.65□□□□□ -1.342e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDC27-208ENST00000532575 765 ntTSL 36.56□□□□□ -1.362e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 FGG-206ENST00000443553 789 ntTSL 56.06□□□□□ -1.442e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-247ENST00000641753 3007 nt5.98□□□□□ -1.452e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-219ENST00000641228 2559 ntBASIC5.84□□□□□ -1.472e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-239ENST00000641590 2479 ntBASIC5.83□□□□□ -1.482e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-230ENST00000641434 3209 nt5.79□□□□□ -1.482e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-228ENST00000641397 3925 nt5.77□□□□□ -1.492e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 FN1-220ENST00000480024 576 ntTSL 25.72□□□□□ -1.491e-17■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-252ENST00000641869 1076 nt5.71□□□□□ -1.52e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-229ENST00000641413 854 nt5.44□□□□□ -1.542e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 HMGCR-212ENST00000514315 603 ntTSL 35.4□□□□□ -1.542e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SEC23A-211ENST00000555682 398 ntTSL 25.22□□□□□ -1.572e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-240ENST00000641658 1731 nt4.87□□□□□ -1.632e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-211ENST00000641092 4054 nt4.83□□□□□ -1.642e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-235ENST00000641508 4321 nt4.78□□□□□ -1.642e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-258ENST00000642034 4132 nt4.53□□□□□ -1.692e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-216ENST00000641147 4009 ntBASIC4.28□□□□□ -1.722e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-212ENST00000641133 5109 nt4.12□□□□□ -1.752e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-232ENST00000641464 4197 nt4.04□□□□□ -1.762e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-242ENST00000641690 4199 ntBASIC4.02□□□□□ -1.772e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-255ENST00000641928 4083 nt3.99□□□□□ -1.772e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 PRPF38B-205ENST00000485810 1352 ntTSL 23.97□□□□□ -1.773e-7■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-236ENST00000641509 4050 ntBASIC3.95□□□□□ -1.782e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-248ENST00000641774 4247 nt3.81□□□□□ -1.82e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-210ENST00000641025 4261 nt3.42□□□□□ -1.862e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-233ENST00000641482 4860 ntBASIC3.18□□□□□ -1.92e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SEC23A-208ENST00000555017 588 ntTSL 43.11□□□□□ -1.912e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 RXRB-203ENST00000481441 1330 ntTSL 214.8□□□□□ -0.044e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 FST-203ENST00000491717 640 ntTSL 27.92□□□□□ -1.144e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SF3B1-206ENST00000462613 141 ntTSL 35.89□□□□□ -1.473e-14■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 RPL9-207ENST00000506581 371 ntTSL 55.23□□□□□ -1.573e-14■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 RPL9-210ENST00000511643 618 ntTSL 25.01□□□□□ -1.613e-14■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 PRRC2A-210ENST00000483470 916 ntTSL 27.66□□□□□ -1.181e-23■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 HDLBP-238ENST00000479894 840 ntTSL 514.08□□□□□ -0.162e-20■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 HDLBP-239ENST00000483086 620 ntTSL 310.63□□□□□ -0.712e-20■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-221ENST00000521334 909 ntTSL 317.77■□□□□ 0.445e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-219ENST00000521077 2719 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.185e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-201ENST00000256324 2967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.485e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-223ENST00000522322 2856 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.515e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-229ENST00000523816 2764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.515e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-230ENST00000523837 2814 ntTSL 511.86□□□□□ -0.515e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-204ENST00000428926 2538 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.71□□□□□ -0.535e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-228ENST00000523771 2976 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.585e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-217ENST00000520328 2687 ntTSL 2 BASIC11.33□□□□□ -0.65e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-214ENST00000519950 1060 ntTSL 311.09□□□□□ -0.635e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-215ENST00000519994 1148 ntTSL 1 (best)11.09□□□□□ -0.635e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-232ENST00000523894 862 ntTSL 1 (best)11.09□□□□□ -0.635e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-211ENST00000518868 3075 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.07□□□□□ -0.645e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-218ENST00000521064 544 ntTSL 410.91□□□□□ -0.665e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-206ENST00000517362 583 ntTSL 410.4□□□□□ -0.745e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-207ENST00000517518 1597 ntTSL 1 (best)10.37□□□□□ -0.755e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-222ENST00000522170 853 ntTSL 310.29□□□□□ -0.765e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-212ENST00000518871 484 ntTSL 410.19□□□□□ -0.785e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-225ENST00000522837 558 ntTSL 49.79□□□□□ -0.845e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-210ENST00000518665 959 ntTSL 1 (best) BASIC7.61□□□□□ -1.195e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-231ENST00000523879 650 ntTSL 56.74□□□□□ -1.335e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-233ENST00000524232 550 ntTSL 26.64□□□□□ -1.355e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-213ENST00000519019 834 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.435e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-220ENST00000521081 622 ntTSL 26.05□□□□□ -1.445e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 C14orf159-209ENST00000518649 555 ntTSL 45.81□□□□□ -1.485e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SNORA11B-201ENST00000408175 129 ntBASIC3.29□□□□□ -1.885e-18■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CHD1L-211ENST00000639534 1144 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.063e-23■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.676e-7■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-210ENST00000590107 1616 ntTSL 521.44■■□□□ 1.021e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.891e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-202ENST00000383376 1575 ntTSL 1 (best)19.91■□□□□ 0.781e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-205ENST00000588752 651 ntTSL 318.99■□□□□ 0.631e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-211ENST00000590138 895 ntTSL 518.37■□□□□ 0.531e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.351e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-204ENST00000588167 885 ntTSL 215.08■□□□□ 01e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-203ENST00000586230 563 ntTSL 212.91□□□□□ -0.341e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.421e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.845e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.85e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MTCH1-204ENST00000460219 1572 ntTSL 221.74■■□□□ 1.075e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 GLG1-213ENST00000567951 2918 ntTSL 1 (best)20.86■□□□□ 0.935e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.715e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.695e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MIF-203ENST00000498385 435 ntTSL 218.24■□□□□ 0.515e-13■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.375e-13■□□□□ 9.1
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 292.3 ms