Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
DDX56Q9NY93 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.1 ms