Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
UPF3AQ9H1J1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UPF3AQ9H1J1 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms