Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
VPS35Q96QK1 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.2 ms