Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CCDC54Q8NEL0 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.3 ms