Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG1P18858 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG1P18858 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIG1P18858 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIG1P18858 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIG1P18858 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIG1P18858 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIG1P18858 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIG1P18858 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
LIG1P18858 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIG1P18858 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIG1P18858 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIG1P18858 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIG1P18858 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIG1P18858 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIG1P18858 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIG1P18858 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIG1P18858 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIG1P18858 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIG1P18858 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms