Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A1P12109 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.2 ms