Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CACNA1C-209ENST00000399603 7377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RBM6-201ENST00000266022 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RUNX3-201ENST00000308873 3861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 BAIAP3-201ENST00000324385 4678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KIAA0930-203ENST00000391627 2623 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 GPR132-203ENST00000539291 2779 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SMTN-201ENST00000333137 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PHTF1-204ENST00000369604 3273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 BMT2-201ENST00000297145 3981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 OSBPL1A-201ENST00000319481 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CLUAP1-202ENST00000571025 5126 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SLC26A8-201ENST00000355574 3463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SGK2-204ENST00000373100 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TRIB2-202ENST00000381465 2778 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ARPC4-TTLL3-201ENST00000397256 2466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ZBTB20-215ENST00000481632 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CCNJ-201ENST00000265992 4115 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 NRP2-205ENST00000412873 2730 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 HS3ST1-201ENST00000002596 8031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ABR-202ENST00000302538 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MEG3-213ENST00000455531 4867 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SFMBT2-203ENST00000379713 2402 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TRIB2-201ENST00000155926 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TPM3-206ENST00000330188 2108 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FAM124B-201ENST00000243806 2030 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF11A-205ENST00000616710 3809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 IKZF1-203ENST00000346667 5376 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 C17orf107-201ENST00000381365 3199 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KBTBD7-201ENST00000379483 4734 ntAPPRIS P1 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ZNF335-201ENST00000322927 4430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC099521.3-201ENST00000624251 2938 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RIOK1-202ENST00000379834 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TNK2-202ENST00000381916 4223 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 POTEI-201ENST00000451531 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms