Protein–RNA interactions for Protein: Q12829

RAB40B, Ras-related protein Rab-40B, humanhuman

Predictions only

Length 278 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB40BQ12829 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 ZNF570-201ENST00000330173 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 ZFYVE27-202ENST00000357540 2765 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 ZFYVE27-204ENST00000370610 2769 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 C11orf21-201ENST00000381153 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 SH3D21-205ENST00000505871 2205 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
RAB40BQ12829 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 PSME3-203ENST00000541124 3366 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SYCP2L-201ENST00000283141 3130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 TNS2-202ENST00000314276 4944 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SPATA20-227ENST00000634597 2587 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 VPS9D1-202ENST00000561976 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 UGP2-207ENST00000467648 2057 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ARMCX3-203ENST00000471229 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 RIPOR3-202ENST00000327979 4377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 APOB-202ENST00000399256 3128 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MFSD2B-201ENST00000338315 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 EPHA2-201ENST00000358432 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SVOPL-202ENST00000419765 1523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ZNF717-204ENST00000478296 3875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 PRDM10-204ENST00000423662 5998 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 WNT7A-201ENST00000285018 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 KRT17P5-203ENST00000445433 2333 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LINC00882-204ENST00000484698 2718 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LGALSL-201ENST00000238875 3926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AGPAT3-205ENST00000398063 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 PML-203ENST00000354026 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 C20orf203-202ENST00000608990 5076 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 TOX2-202ENST00000358131 2605 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 CC2D1B-201ENST00000284376 3377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 RGS9-201ENST00000262406 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ETV4-202ENST00000393664 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 NCLP1-201ENST00000445357 1963 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 VRK3-201ENST00000316763 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AC005324.3-201ENST00000455584 5514 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 CALCOCO1-218ENST00000550804 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MAGI1-218ENST00000621418 6225 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 ADAM17-203ENST00000497134 1873 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 REC8-213ENST00000620473 2405 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 SVIL-AS1-204ENST00000427063 2025 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 INMT-201ENST00000013222 2559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 LRP8-203ENST00000354412 2553 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RAB40BQ12829 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms