Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.48
CCDC9Q9Y3X0 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms