Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
EXOSC3Q9NQT5 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
EXOSC3Q9NQT5 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
EXOSC3Q9NQT5 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
EXOSC3Q9NQT5 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms