Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms