Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms