Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP41Q3LFD5 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP41Q3LFD5 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms