Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TNFRSF4P43489 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TNFRSF4P43489 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.6 ms