Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCA1P28370 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms