Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL6A1P12109 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL6A1P12109 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL6A1P12109 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms