Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDC3O75056 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SDC3O75056 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SDC3O75056 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SDC3O75056 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SDC3O75056 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SDC3O75056 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SDC3O75056 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDC3O75056 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SDC3O75056 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SDC3O75056 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDC3O75056 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDC3O75056 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDC3O75056 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDC3O75056 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDC3O75056 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDC3O75056 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDC3O75056 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDC3O75056 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms