Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 NCF4-202ENST00000397147 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 TADA3-204ENST00000440161 1617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 PGD-201ENST00000270776 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 HMGCLL1-203ENST00000370850 1171 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 CFAP36-204ENST00000406691 1575 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LINC01693-202ENST00000430123 357 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 GTF2I-203ENST00000443166 979 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 GRPEL2P1-201ENST00000453145 339 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 HFE-209ENST00000461397 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC097381.2-201ENST00000510640 859 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 RNASEK-204ENST00000552039 591 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MKRN3-202ENST00000564592 629 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MIR4265-201ENST00000582152 99 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AL451165.2-201ENST00000606971 718 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MAD2L1BP-202ENST00000451025 1517 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 COA6-203ENST00000366615 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 RPSAP12-201ENST00000435879 888 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC019205.2-201ENST00000442007 1083 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LINC01502-203ENST00000447907 880 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SMAD7-208ENST00000591805 1152 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 CLUL1-202ENST00000400606 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 IFNA2-201ENST00000380206 1135 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LRRC3-AS1-201ENST00000426578 784 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 CTB-178M22.2-201ENST00000519795 503 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC011676.3-201ENST00000520606 294 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 CDK11A-201ENST00000356200 2653 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SHISA5-206ENST00000426002 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ALDOA-204ENST00000412304 1603 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SLC20A2-207ENST00000520179 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 TMEM60-201ENST00000257663 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 KRTAP10-9-201ENST00000397911 1171 ntAPPRIS P2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 KRT8P6-201ENST00000399259 1207 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 GGTLC4P-201ENST00000402176 664 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 BX088651.3-201ENST00000418155 352 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SAPCD1-AS1-202ENST00000419679 461 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC120498.7-201ENST00000562876 330 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC008747.1-201ENST00000592220 442 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC026336.4-201ENST00000624565 1050 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MSRA-201ENST00000317173 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SPATS1-202ENST00000323108 1107 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 PLA2G12B-201ENST00000373032 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LINP1-201ENST00000417112 917 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AL353658.1-201ENST00000436263 789 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 AC133141.1-201ENST00000443015 339 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 SRRM2-AS1-204ENST00000573802 818 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 HCG18-241ENST00000602290 821 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 WDSUB1-201ENST00000358147 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
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