Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MAGEA4-205ENST00000393920 1721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SUSD5-201ENST00000309558 5008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 DIO1-215ENST00000610607 796 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PTPRU-204ENST00000428026 5550 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GPR83-201ENST00000243673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 SYNGR1-203ENST00000328933 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.44□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC11.44□□□□□ -0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.6 ms