Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 C7orf61-201ENST00000332375 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LINC00634-202ENST00000505157 222 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 MIR2392-201ENST00000584881 84 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC244250.3-201ENST00000620749 366 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 BGLAP-201ENST00000368272 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CCDC167-201ENST00000373408 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 RN7SKP109-201ENST00000410592 316 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 NACA-221ENST00000552540 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AP003392.6-201ENST00000607709 325 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC082651.3-201ENST00000474667 1947 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ASB15-207ENST00000540573 1651 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CCDC51-206ENST00000447018 1461 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 LINC02557-201ENST00000432249 477 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AL365436.2-201ENST00000434112 526 ntTSL 4 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AL096772.1-201ENST00000451135 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC073094.1-201ENST00000453798 433 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC245884.1-201ENST00000457113 529 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC012158.2-201ENST00000536546 354 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 RN7SL665P-201ENST00000578793 300 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms