Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 MAPK4-206ENST00000592595 4330 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 COL6A1-207ENST00000612273 3251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC114271.1-201ENST00000612689 2813 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 IFITM10-201ENST00000340134 3706 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 FAM155B-201ENST00000252338 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 PSMC1-201ENST00000261303 4448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 STAM2-201ENST00000263904 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SLC22A2-202ENST00000366953 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 FAM30A-205ENST00000630242 9612 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TP73-211ENST00000604074 4806 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 NDRG4-221ENST00000563799 3014 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC004241.5-201ENST00000623870 2448 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 HMOX2-216ENST00000613539 1703 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ELOA2-202ENST00000620522 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 RSBN1-201ENST00000261441 6621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ZNF609-202ENST00000416172 3863 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ZNF843-202ENST00000564218 3816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 EPHA5-204ENST00000511294 5176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GRIN1-207ENST00000371560 3640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 C4B-AS1-205ENST00000415626 2095 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 C4A-AS1-204ENST00000458633 2095 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SYT1-204ENST00000457153 4592 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 BCKDHB-201ENST00000320393 3692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SUCO-201ENST00000263688 5556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CEMIP-201ENST00000220244 7226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 FGFRL1-201ENST00000264748 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 AC011298.1-201ENST00000407635 3398 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SYDE1-201ENST00000342784 3264 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 PPP2R1A-201ENST00000322088 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 C2-206ENST00000442278 2434 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SATB2-211ENST00000614512 4972 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CRELD1-202ENST00000383811 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ATP12A-201ENST00000218548 3732 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 SCARB2-227ENST00000640957 3255 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 FAM90A12P-201ENST00000519497 2375 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 FAM90A24P-201ENST00000520792 2369 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 MFAP4-202ENST00000395592 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 GRIN1-204ENST00000371553 3751 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 OTP-201ENST00000306422 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 MAP7-202ENST00000432797 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC112Q8NEF3 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms