Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TMEM208-201ENST00000304800 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AP000356.3-201ENST00000382243 753 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC084030.1-201ENST00000455068 561 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PGAP2-212ENST00000464906 1259 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 SDHAF2-206ENST00000542074 835 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC025154.2-202ENST00000552379 592 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC015917.2-201ENST00000580714 493 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 EIF5AP2-201ENST00000585668 1047 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC093567.1-201ENST00000590649 877 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 RNF146-211ENST00000609447 607 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 HPGD-209ENST00000510901 1535 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 HPD-204ENST00000543163 1709 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 MIR22HG-201ENST00000334146 1383 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 GSN-209ENST00000449733 2702 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 GON7-201ENST00000306954 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 COX14-201ENST00000317943 708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TNNT2-204ENST00000367317 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TNNT2-209ENST00000421663 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 MFAP3-202ENST00000439768 1186 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC061961.1-201ENST00000443901 432 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 LINC01563-201ENST00000456235 750 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC009163.3-201ENST00000563554 852 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TMEM231-206ENST00000565067 1078 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AL161773.1-201ENST00000624845 863 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC104333.4-201ENST00000632866 554 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ACSM2A-202ENST00000396104 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 LINC00299-202ENST00000442956 2342 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PIGL-201ENST00000225609 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC006455.8-201ENST00000451381 351 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC018463.1-201ENST00000456674 917 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 NCK1-AS1-203ENST00000474250 827 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC107871.2-202ENST00000563057 396 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 IL18BP-205ENST00000393705 1549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCOF1Q13428 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCOF1Q13428 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCOF1Q13428 IGF1-205ENST00000424202 612 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCOF1Q13428 AC138466.4-201ENST00000623965 852 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
TCOF1Q13428 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCOF1Q13428 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
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