Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FBXO44-203ENST00000376760 822 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MYL7-209ENST00000458240 791 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LINC02417-201ENST00000542449 515 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FOS-204ENST00000554617 796 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 KRT8P1-201ENST00000557533 1207 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC005632.3-201ENST00000605544 308 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CMC2-224ENST00000630396 481 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AMHR2-201ENST00000257863 1863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 VASH2-204ENST00000366966 1369 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC082651.3-201ENST00000474667 1947 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 RNF144A-AS1-203ENST00000426122 579 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL606489.1-201ENST00000443515 486 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 DCST1-AS1-201ENST00000452962 822 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 DNM1P30-201ENST00000563586 452 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC092978.1-201ENST00000474979 1309 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC092978.1-202ENST00000637590 1327 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ABI2-215ENST00000430418 1676 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MOGAT2-201ENST00000198801 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FBXL7-203ENST00000510662 1758 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 RPS9P1-201ENST00000419943 583 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
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