Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 LINC00969-294ENST00000627609 992 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MYL10-201ENST00000223167 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CDK2-203ENST00000440311 1031 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC090152.1-203ENST00000517898 1106 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AL391001.1-201ENST00000602747 715 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 PHF23-213ENST00000613632 850 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 Metazoa_SRP.75-201ENST00000614439 293 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CCDC113-206ENST00000616795 891 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC129778.1-201ENST00000623957 920 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 IDH3A-224ENST00000629769 114 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 IQSEC2-207ENST00000638583 722 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ARRB2-218ENST00000575877 1579 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MED7-202ENST00000420343 1382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 COLEC11-204ENST00000402794 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ASS1P2-201ENST00000439895 1223 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC106869.1-201ENST00000448713 577 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 GOSR1-204ENST00000451249 1231 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RN7SL564P-201ENST00000496309 250 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CXCL11-202ENST00000503860 767 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 LINC01485-202ENST00000520324 566 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 FXYD6-208ENST00000529335 708 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 PMEL-214ENST00000550447 901 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms